Main Page: Difference between revisions

From referenceTSS
Jump to: navigation, search
No edit summary
No edit summary
Line 1: Line 1:
<!--
<html>
<strong>MediaWiki has been installed.</strong>
    <div class="">
      <section class="py-5">
        <div class="container col-lg-12">
          <nav>
            <div class="nav nav-tabs" id="nav-tab" role="tablist">
              <button
                class="nav-link active"
                id="nav-human-tab"
                data-bs-toggle="tab"
                data-bs-target="#nav-human"
                type="button"
                role="tab"
                aria-controls="nav-human"
                aria-selected="true"
              >
                Human
              </button>
              <button
                class="nav-link"
                id="nav-mouse-tab"
                data-bs-toggle="tab"
                data-bs-target="#nav-mouse"
                type="button"
                role="tab"
                aria-controls="nav-mouse"
                aria-selected="false"
              >
                Mouse
              </button>
            </div>
          </nav>
          <div class="tab-content" id="nav-tabContent">
            <div
              class="tab-pane fade show active"
              id="nav-human"
              role="tabpanel"
              aria-labelledby="nav-human-tab"
              tabindex="0"
            >
              <div class="p-3 p-md-5 bg-light rounded">
                <div class="row align-items-start">
                  <div class="col-12 col-lg-2 mb-3 mb-lg-0">
                    <img
                      class="img-fluid"
                      src="images/poc/icon-human.svg"
                      alt=""
                      width="80px"
                    />
                  </div>
                  <div class="col-12 col-lg-8 mb-3 mb-lg-0">
                    <div>
                      <h3 class="fw-bold mb-3">Human</h3>
                      <div
                        class="nav nav-pills mb-3 btn-group"
                        id="pills-tab"
                        role="tablist"
                      >
                        <button
                          class="btn border border-primary nav-link active btn-sm"
                          id="pills-htss-tab"
                          data-bs-toggle="pill"
                          data-bs-target="#pills-htss"
                          type="button"
                          role="tab"
                          aria-controls="pills-htss"
                          aria-selected="true"
                        >
                          TSSs
                        </button>
 
                        <button
                          class="btn border border-primary nav-link btn-sm"
                          id="pills-hgene-tab"
                          data-bs-toggle="pill"
                          data-bs-target="#pills-hgene"
                          type="button"
                          role="tab"
                          aria-controls="pills-hgene"
                          aria-selected="false"
                        >
                          Gene
                        </button>
                      </div>
                      <div class="tab-content">
                        <div
                          class="tab-pane active"
                          id="pills-htss"
                          role="tabpanel"
                          aria-labelledby="pills-htss-tab"
                        >
                          <!-- Form TSSs -->
 
                          <form
                            id="hTsspfForm"
                            name="createbox"
                            action="http://reftss.clst.riken.jp/reftss/Special:RunQuery/TSSQueryFormHuman"
                            method="get"
                          >
                            <div class="d-flex row g-3">
                              <input
                                type="hidden"
                                value="Special:RunQuery/TSSQueryFormHuman"
                                name="title"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value="TSSQueryFormHuman"
                                name="pfRunQueryFormName"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value=""
                                name="pf_free_text"
                              />
 
                              <div class="mb-3 col-md-12">
                                <label for="hTssTSS" class="form-label"
                                  >TSS ID</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="hTssTSS"
                                  name="TSS List Human[tss_id]"
                                />
                              </div>


Consult the [//meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents User's Guide] for information on using the wiki software.
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="hTssGene" class="form-label"
                                  >Gene Symbol</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="hTssGene"
                                  name="TSS List Human[gene_symbol]"
                                />
                              </div>


== Getting started ==
                              <div class="mb-3 col-md-6">
* [//www.mediawiki.org/wiki/Special:MyLanguage/Manual:Configuration_settings Configuration settings list]
                                <label for="hTssGeneName" class="form-label"
* [//www.mediawiki.org/wiki/Special:MyLanguage/Manual:FAQ MediaWiki FAQ]
                                  >Gene Name</label
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki release mailing list]
                                >
* [//www.mediawiki.org/wiki/Special:MyLanguage/Localisation#Translation_resources Localise MediaWiki for your language]
                                <input
* [//www.mediawiki.org/wiki/Special:MyLanguage/Manual:Combating_spam Learn how to combat spam on your wiki]
                                  class="form-control me-2"
-->
                                  id="hTssGeneName"
<div style="border: medium solid #ff00ff;margin: 30px 30px;padding: 10px;display:none">
                                  name="TSS List Human[gene_name]"
Dear refTSS user,<br>
                                />
Due to routine server maintenance , refTSS server will not be reachable
                              </div>
during the following date: <br>
 
<p><b>Date: July, 29th (Mon), 2019 ; Time: 13:00 - 15:00 (Japan Standard Time,
                              <div class="mb-3 col-12">
GMT+9)</b></p>
                                <button
The server will remain available after the restart. <br>
                                  class="btn btn-primary"
If you have any question please contact us at reftss-help<at>riken.jp .<br>
                                  type="submit"
Thank you for using refTSS
                                  title="Run query"
</div>
                                  name="wpRunQuery"
<!-- add toc 2021.8.11 -->
                                  value=""
<html>
                                >
<div id="toc" class="toc"><div class="toctitle" lang="en" dir="ltr"><h2>Contents</h2></div>
                                  Run query
<ul>
                                </button>
<li class="toclevel-1 tocsection-1"><a href="#refTSS:_reference_transcription_start_site"><span class="tocnumber">1</span> <span class="toctext">refTSS: reference transcription start site</span></a>
                              </div>
<ul>
                            </div>
<li class="toclevel-2 tocsection-2"><a href="#Data_files"><span class="tocnumber">1.1</span> <span class="toctext">Data files</span></a></li>
                          </form>
<li class="toclevel-2 tocsection-3"><a href="#UCSC_genome_browser_Track_Hubs"><span class="tocnumber">1.2</span> <span class="toctext">UCSC genome browser Track Hubs</span></a></li>
                        </div>
<li class="toclevel-2 tocsection-4"><a href="#Contact"><span class="tocnumber">1.3</span> <span class="toctext">Contact</span></a></li>
                        <div
<li class="toclevel-2 tocsection-5"><a href="http://reftss.clst.riken.jp/reftss/Release_notes"><span class="tocnumber">1.4</span> <span class="toctext">Release notes</span></a></li>
                          class="tab-pane"
</ul>
                          id="pills-hgene"
</li>
                          role="tabpanel"
</ul>
                          aria-labelledby="pills-hgene-tab"
</div></html>
                        >
__NOTOC__
                          <!-- Form Gene -->
<!-- add toc end -->
 
= refTSS: reference transcription start site (test) =
                          <form
                            id="hGeneForm"
                            name="createbox"
                            action="http://reftss.clst.riken.jp/reftss/Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormHuman"
                            method="get"
                          >
                            <div class="d-flex row g-3">
                              <input
                                type="hidden"
                                value="Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormHuman"
                                name="title"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value="EntrezGeneQueryFormHuman"
                                name="pfRunQueryFormName"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value=""
                                name="pf_free_text"
                              />
 
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="hGeneGene" class="form-label"
                                  >Gene ID</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="hGeneGene"
                                  name="EntrezGene List Human[gene_id]"
                                />
                              </div>
 
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="hGeneGeneName" class="form-label"
                                  >Gene Symbol</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="hGeneGeneName"
                                  name="EntrezGene List Human[gene_symbol]"
                                />
                              </div>
 
                              <div class="mb-3 col-12">
                                <button
                                  class="btn btn-primary"
                                  type="submit"
                                  title="Run query"
                                  name="wpRunQuery"
                                  value=""
                                >
                                  Run query
                                </button>
                              </div>
                            </div>
                          </form>
                        </div>
                      </div>
                    </div>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </div>
            <div
              class="tab-pane fade show"
              id="nav-mouse"
              role="tabpanel"
              aria-labelledby="nav-mouse-tab"
              tabindex="0"
            >
              <div class="p-3 p-md-5 bg-light rounded">
                <div class="row align-items-start">
                  <div class="col-12 col-lg-2 mb-3 mb-lg-0">
                    <img
                      class="img-fluid"
                      src="images/poc/icon-mouse.svg"
                      alt=""
                      width="100px"
                    />
                  </div>
                  <div class="col-12 col-lg-8 mb-3 mb-lg-0">
                    <div>
                      <h3 class="fw-bold mb-3">Mouse</h3>
                      <div
                        class="nav nav-pills mb-3 btn-group"
                        id="pills-tab"
                        role="tablist"
                      >
                        <button
                          class="btn border border-primary nav-link active btn-sm"
                          id="pills-mtss-tab"
                          data-bs-toggle="pill"
                          data-bs-target="#pills-mtss"
                          type="button"
                          role="tab"
                          aria-controls="pills-mtss"
                          aria-selected="true"
                        >
                          TSSs
                        </button>
 
                        <button
                          class="btn border border-primary nav-link btn-sm"
                          id="pills-mgene-tab"
                          data-bs-toggle="pill"
                          data-bs-target="#pills-mgene"
                          type="button"
                          role="tab"
                          aria-controls="pills-mgene"
                          aria-selected="false"
                        >
                          Gene
                        </button>
                      </div>
                      <div class="tab-content">
                        <div
                          class="tab-pane active"
                          id="pills-mtss"
                          role="tabpanel"
                          aria-labelledby="pills-mtss-tab"
                        >
                          <!-- Form TSSs -->


The refTSS is an annotated reference dataset for transcriptional start sites (TSS) in human and mouse. The dataset is generated by collecting, reprocessing and assembling various public resources.
                          <form
                            id="mTsspfForm"
                            name="createbox"
                            action="http://reftss.clst.riken.jp/reftss/Special:RunQuery/TSSQueryFormMouse"
                            method="get"
                          >
                            <div class="d-flex row g-3">
                              <input
                                type="hidden"
                                value="Special:RunQuery/TSSQueryFormMouse"
                                name="title"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value="TSSQueryFormMouse"
                                name="pfRunQueryFormName"
                              />


== Data files ==
                              <input
                                type="hidden"
                                value=""
                                name="pf_free_text"
                              />


The raw refTSS data files are available at [http://reftss.clst.riken.jp/datafiles the data download page].
                              <div class="mb-3 col-md-12">
                                <label for="mTssTSS" class="form-label"
                                  >TSS ID</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="mTssTSS"
                                  name="TSS List Mouse[tss_id]"
                                />
                              </div>


== UCSC genome browser Track Hubs ==
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="mTssGene" class="form-label"
                                  >Gene Symbol</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="mTssGene"
                                  name="TSS List Mouse[gene_symbol]"
                                />
                              </div>


1- [http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgHubConnect?hubSearchTerms=refTss refTSS UCSC Genome Browser public track hub description pages]  
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="mTssGeneName" class="form-label"
                                  >Gene Name</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="mTssGeneName"
                                  name="TSS List Mouse[gene_name]"
                                />
                              </div>


2- [https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hubUrl=http://reftss.clst.riken.jp/trackhub/hub.txt&genome=hg38&position=lastDbPos Human refTSS track hub]
                              <div class="mb-3 col-12">
                                <button
                                  class="btn btn-primary"
                                  type="submit"
                                  title="Run query"
                                  name="wpRunQuery"
                                  value=""
                                >
                                  Run query
                                </button>
                              </div>
                            </div>
                          </form>
                        </div>
                        <div
                          class="tab-pane"
                          id="pills-mgene"
                          role="tabpanel"
                          aria-labelledby="pills-mgene-tab"
                        >
                          <!-- Form Gene -->


3- [https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hubUrl=http://reftss.clst.riken.jp/trackhub/hub.txt&genome=mm10&position=lastDbPos Mouse refTSS track hub]
                          <form
                            id="mGeneForm"
                            name="createbox"
                            action="http://reftss.clst.riken.jp/reftss/Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormMouse"
                            method="get"
                          >
                            <div class="d-flex row g-3">
                              <input
                                type="hidden"
                                value="Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormMouse"
                                name="title"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value="EntrezGeneQueryFormMouse"
                                name="pfRunQueryFormName"
                              />
                              <input
                                type="hidden"
                                value=""
                                name="pf_free_text"
                              />


== Contact ==
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="mGeneGene" class="form-label"
                                  >Gene ID</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="mGeneGene"
                                  name="EntrezGene List Mouse[gene_id]"
                                />
                              </div>


If you have any questions or comments, please contact to reftss-help<at>riken.jp .  ("<at>" should be replaced with "@")
                              <div class="mb-3 col-md-6">
                                <label for="mGeneGeneName" class="form-label"
                                  >Gene Symbol</label
                                >
                                <input
                                  class="form-control me-2"
                                  id="mGeneGeneName"
                                  name="EntrezGene List Mouse[gene_symbol]"
                                />
                              </div>


== Please cite refTSS as: ==
                              <div class="mb-3 col-12">
Abugessaisa, I., Noguchi S, Hasegawa A, Kondo A, Kawaji H, Carninci P, Kasukawa T. (2019). "refTSS: A Reference Data Set for Human and Mouse Transcription Start Sites." J Mol Biol. doi: <html><a href='https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.04.045' target='_blank'>10.1016/j.jmb.2019.04.045.</a></html>
                                <button
                                  class="btn btn-primary"
                                  type="submit"
                                  title="Run query"
                                  name="wpRunQuery"
                                  value=""
                                >
                                  Run query
                                </button>
                              </div>
                            </div>
                          </form>
                        </div>
                      </div>
                    </div>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </section>
    </div>
</html>

Revision as of 10:17, 14 July 2022

Retrieved from "https://reftss.riken.jp/reftss/index.php?title=Main_Page&oldid=1915390"